Główny dworzec kolejowy w Skawinie jest stacją węzłową, na której od dwutorowej linii 94 z Krakowa do Oświęcimia odgałęzia się jednotorowa linia 97, biegnąca przez Kalwarię do Suchej Beskidzkiej. Linię przez Skawinę otwarto w czasie rozbudowy Galicyjskiej Kolei Transwersalnej, w ramach połączenia tego szlaku z Krakowem, jednym z najważniejszych miast Galicji. Stacja uruchomiona została 1 sierpnia 1884 roku. Stacja posiada 6 torów głównych, z których trzy są głównymi zasadniczymi. Przy torach tych znajdują się 2 perony: dwukrawędziowy wyspowy oraz jednokrawędziowy, przy budynku dworca. Drugi z nich został kompleksowo zmodernizowany w ramach remontu Kolejowego Szlaku Jana Pawła II. Wówczas również zlikwidowano tor boczny, biegnący bezpośrednio przy dworcu, a także wyburzono w większości zdewastowane i nieczynne budynki w pobliżu dworca takie jak: magazyny, budynek schroniska dla manewrowych, budynek działki energetycznej i toromistrza, kuźnię oraz budkę wagi wagonowej znajdującej się przy torze bocznym. W pobliżu stacji znajdowała się kiedyś lokomotywownia.
Budynek dworca połączony jest z peronem wyspowym przez przejście nadziemne, które prowadzi również nad torami na drugą stronę stacji, między innymi w kierunku zakładów Vesuvius Skawina. Infrastruktura ładunkowa na stacji jest dosyć rozbudowana – stanowi ją kilka torów bocznych, prowadzących m.in. do ładowni, z której korzysta skup złomu. Od strony zachodniej znajduje się także wjazd na bocznicę zakładów Vesuvius. Ruch pociągów na stacji prowadzony jest przez dwie nastawnie, wyposażone w urządzenia mechaniczne scentralizowane z sygnalizacją świetlną.
Poczekalnia i kasy biletowe zostały zamknięte w maju 2012 roku. W tym samym czasie na dworcu zlikwidowano także mieszkania kolejowe znajdujące się na I piętrze, biura spółki PKP Cargo oraz posterunek Straży Ochrony Kolei znajdujący się w dawnym biurze zawiadowcy stacji. Nie ma także dostępu do WC. Obecnie prawie cały budynek dworca jest zamknięty, funkcjonuje tylko bufet PKP. Budynek, choć kilka lat temu odmalowany, dziś raczej straszy. Jest jednak jednym z charakterystycznych przedstawicieli typowej dla Galicji architektury dworcowej.
Budynek dworca połączony jest z peronem wyspowym przez przejście nadziemne, które prowadzi również nad torami na drugą stronę stacji, między innymi w kierunku zakładów Vesuvius Skawina. Infrastruktura ładunkowa na stacji jest dosyć rozbudowana – stanowi ją kilka torów bocznych, prowadzących m.in. do ładowni, z której korzysta skup złomu. Od strony zachodniej znajduje się także wjazd na bocznicę zakładów Vesuvius. Ruch pociągów na stacji prowadzony jest przez dwie nastawnie, wyposażone w urządzenia mechaniczne scentralizowane z sygnalizacją świetlną.
Poczekalnia i kasy biletowe zostały zamknięte w maju 2012 roku. W tym samym czasie na dworcu zlikwidowano także mieszkania kolejowe znajdujące się na I piętrze, biura spółki PKP Cargo oraz posterunek Straży Ochrony Kolei znajdujący się w dawnym biurze zawiadowcy stacji. Nie ma także dostępu do WC. Obecnie prawie cały budynek dworca jest zamknięty, funkcjonuje tylko bufet PKP. Budynek, choć kilka lat temu odmalowany, dziś raczej straszy. Jest jednak jednym z charakterystycznych przedstawicieli typowej dla Galicji architektury dworcowej.